新西蘭奧塔哥大學有全新西蘭第一所醫學院，并且是南島的醫學研究中心，由于是第一個將試管嬰兒付諸實際的醫學中心，因此在世界上享有盛名。奧塔哥大學也有全新西蘭唯一的牙醫學校，其國際排名更是在前十名內，且為大洋洲第一名。此外，本校也是南島唯一有藥學、理療、醫學實驗等科系的學校。